電子図書館は著作権法に妨げられて、従来の図書館のように色々な時代の作品を提供することができない、という批判もある。多くの場合、電子図書館のコンテンツはパブリックドメインのものか自分自身で作成したものに限られる。プロジェクト・グーテンベルクなど、著作権法外の作品を電子化して一般に自由に配布する所もある。商業的にコンテンツの権利を得て配布する電子図書館もあり、この形態は著作権の使用料の支払いやコンテンツの複製配布をより上手く管理できる。
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電子図書館は従来の図書館の環境をそっくりそのまま再現することはできない。内容の構成や個人の嗜好にも強くよるが、コンピュータ画面よりも印刷物を読む方が楽だと思う人は多い。更に、テクノロジーの発展が仇となって、時代遅れになった形式のコンテンツにアクセスできなくなる可能性もある。
電子図書館とその収集物へのアクセスは安定したITインフラ（電力、コンピュータ、通信の接続など）に依存している。そのため、その平等主義的な潜在力に最も恩恵を預かれるはずの人々（例えば第三世界の人々）などが利用できないという逆説的な結果になってしまっている。
理論上は、電子図書館の維持コストは従来の図書館より低い。しかし、運営の方法によっては、従来の図書館よりむしろ高くつくこともありうる。印刷物のデジタル形式への変換作業や、管理に技術力のある職員を雇用、オンラインアクセスの維持コスト（サーバ代、帯域コストなど）など、大きな費用がかかりうる。